技术简介

       RIC-seq（RNA In situ conformation sequencing）是一种能原位捕获细胞内RNA 分子内高级结构和RNA 分子之间相互作用的新技术。

       RIC-seq 的原理是：首先利用甲醛交联固定RNA 结合蛋白介导的RNA-RNA 原位相互作用，之后利用微球菌核酸酶使RNA 片段化；经过末端修饰后，利用pCp-biotin 在原位进行RNA 分子间的邻近连接；最后，提取总RNA，纯化含有C-biotin标记的嵌合体RNA 分析进行建库测序。

       RIC-seq 数据能反映细胞内mRNA 和非编码RNA 的分子内二级结构和分子间的相互作用，构建全基因组RNA-RNA 互作网络图谱，揭示RNA 参与生长发育和疾病形成的机理。

技术流程

1. 细胞或动植物组织的交联固定；

2. RNA 片段化和末端修饰；

3. 邻近连接和RNA 提取；

4. 文库构建和测序。

技术应用

1. 鉴定细胞内RNA-RNA 相互作用^[1]；

2. 揭示RNA 分子高级结构^[2]；

3. 绘制RNA-RNA 互作网络^[1]；

4. 揭示eRNA 的调控功能。

技术优势

1. 高分辨率和高特异性；

2. 全局和综合的分析；

3. 原位分析能力；

4. 揭示RNA 动态变化；

5. 促进表观遗传学和转录调控研究。

参考文献：

[1]Cai Z, Cao C, Ji L, Ye R, Wang D, Xia C, Wang S, Du Z, Hu N, Y uX, Chen J, Wang L, Yang X, He S, Xue Y. RIC-seq for global insi tu profiling of RNA-RNA spatial interactions. Nature. 2020 Jun;582(7812):432-437. doi: 10.1038/s41586-020-2249-1. Epub 2020 May 6. PMID: 32499643.

[2]Liang L, Cao C, Ji L, Cai Z, Wang D, Ye R, Chen J, Yu X, Zhou, JBai Z, Wang R, Yang X, Zhu P, Xue Y. Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity. Nature. 2023 Jul;619(7971):868-875. doi: 10.1038/s41586-023-06323-x. Epub 2023 Jul 12. Erratum in: Nature. 2023 Aug;620(7975):E26. PMID: 37438529.

技术服务

睿锶生物积累了丰富的三维基因组学研究实验经验，产生了一系列高质量的RIC-seq 实验数据。