技术简介

      HiChIP 技术是一种原位捕获细胞核内目的蛋白介导的全基因组DNA-DNA 相互作用的研究技术，该技术结合了染色质构象捕获（Hi-C）技术和染色质免疫沉淀（ChIP）。其基本原理是首先进行细胞核内原位基因组DNA 消化和邻近连接，再用特异的抗体富集目的蛋白介导的完成邻近连接的嵌合DNA 分子，进而在全基因组范围内精确地识别目的蛋白的DNA 顺式调控元件及其在三维空间中的组织方式。

      HiChIP 技术和ChIA-PET 技术都能高效鉴定目的蛋白介导的高分辨率DNA-DNA 相互作用，二者的区别是HiChIP 技术先进行原位邻近连接，后进行ChIP；而ChIA-PET 技术是先进行ChIP，然后进行邻近连接。

      HiChIP 技术的最大的优势在于其高效性、高分辨率和较低的样本需求量，使其成为研究染色质构象动态变化及其对基因表达调控影响的强有力工具。

技术流程

1. 细胞或者动植物组织的甲醛交联固定；

2. 基因组DNA 片段化和邻近连接；

3. 利用抗体富集目的蛋白介导的互作DNA 嵌合分子；

4. 文库构建和测序。

技术应用

1. 针对特定蛋白的染色质互作构象分析^[1]；

2. 转录因子作用机制研究^[2]；

3. 表观修饰对基因调控的机制研究^[3]。

技术优势

1. 构象信息读取的产量提高了10 倍以上；

2. 相对于ChA-PET，样本要求降低了100 倍以上；

3. 所需细胞数量低于Hi-C；

4. 比Hi-C 具有更高的分辨率。

参考文献：

[1]Mumbach MR, Rubin AJ, Flynn RA, Dai C, Khavari PA, Greenleaf WJ, Chang HY. HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture. Nat Methods. 2016 Nov;13(11):919-922. doi: 10.1038/nmeth.3999. Epub 2016 Sep 19. PMID: 27643841; PMCID: PMC5501173.

[2]Ramirez RN, Chowdhary K, Leon J, Mathis D, Benoist C. FoxP3 associates with enhancer-promoter loops to regulate Treg-specific gene expression. Sci Immunol. 2022 Jan 14;7(67):eabj9836. doi: 10.1126/sciimmunol.abj9836. Epub 2022 Jan 14. PMID: 35030035; PMCID: PMC9059705.

[3]Giambartolomei C, Seo JH, Schwarz T, Freund MK, Johnson RD, Spsiak S, Baca SC, Gusev A, Mancuso N, Pasaniuc B, Freedman ML. H3K27ac HiChIP in prostate cell lines identifies risk genes for prostate cancer susceptibility. Am J Hum Genet. 2021 Dec 2;108(12):2284-2300. doi: 10.1016/j.ajhg.2021.11.007. Epub 2021 Nov 24. PMID: 34822763; PMCID: PMC8715276.

技术服务

睿锶生物积累了丰富的HiCHIP 实验经验，完成了一系列高质量的HiChIP 实验数据。