技术简介

      ATAC-seq (Assay for Targeting Accessible Chromatin with high-throughout sequencing) 是一种检测全基因组开放染色质区域的高效研究技术。真核生物染色质的基本结构单位是由DNA 和组蛋白八聚体形成的核小体，核小体再进一步折叠压缩后形成染色质。DNA 复制和基因转录调控等生命活动都需要将紧密的染色质结构打开，从而允许调控蛋白结合DNA。这部分没有包裹到组蛋白上的裸露DNA 一般对Tn5 转座酶等核酸酶敏感，被这些没消化产生DNA 小片段，这些富集的DNA 片段经过高通量测序分析后，就能反映全基因组的开放染色质区（Accessible Chromatin）。

技术流程

1. 动物细胞可以直接进行ATAC-seq 实验；对于动植物组织，首先制备和分离相应的细胞核；

2. 加入Tn5 转座酶，对处于开放状态的DNA 进行酶切和测序接头的连接；

3. 回收酶切下来的DNA 片段，PCR 扩增后进行二代高通量测序。

技术应用

1. DNA 顺式调控元件的鉴定及潜在转录因子结合位点分析^[1]；

2. 增强子的鉴定^[2]。

技术优势

1. 高效率：相比于其他染色质可及性研究技术，ATAC-seq 需要的样本量更少，实验流程更短。
   

2. 广泛的应用：适用于各种类型的样本，包括细胞系和多种动植物组织。

参考文献：

[1]Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, Chang HY, Greenleaf WJ. Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNAbinding proteins and nucleosome position. Nat Methods. 2013 Dec;10(12):1213-8. doi: 10.1038/nmeth.2688. Epub 2013 Oct 6. PMID: 24097267; PMCID: PMC3959825.

[2]Galang G, Mandla R, Ruan H, Jung C, Sinha T, Stone NR, Wu RS, Mannion BJ, Allu PKR, Chang K, Rammohan A, Shi MB, Pennacchio LA, Black BL, Vedantham V. ATAC-Seq Reveals an Isl1 Enhancer That Regulates Sinoatrial Node Development and Function. Circ Res. 2020 Dec 4;127(12):1502-1518. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.120.317145. Epub 2020 Oct 12. PMID: 33044128; PMCID: PMC7720845.

技术服务

睿锶生物具有丰富的ATAC-seq 实验和数据分析经验，产生了多种动植物的高质量的ATAC-seq 实验数据。