技术简介

      ChIP-seq 技术是结合染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）和高通量测序（Sequencing）技术，鉴定特定转录因子或修饰后的组蛋白在全基因组的结合位点，是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的高通量方法。

      ChIP-Seq 的原理是：首先利用能识别目的蛋白的特异抗体，通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP），特异性地富集目的蛋白结合的 DNA 片段，然后通过高通量测序技术检测这些DNA 片段，最后通过生物信息分析，将测序获得的高通量序列标签比对到基因组上，从而获得全基因组范围内目的蛋白结合 DNA 的位置和强度信息。

技术流程

         a) 交联（或固定）：利用甲醛处理细胞系或动植物组织，将体内所有相互作用的蛋白与DNA 交联固定下来；

         b) 染色质片段化：用超声波或者核酸酶将染色质打断成一定长度的小片段；

         c) 抗体孵育：将特异识别目标蛋白的抗体和片段化的染色质混合孵育，形成抗体-目标蛋白-结合DNA复合体，最后分离这一复合体；

         d) 解交联：利用解交联试剂处理上述蛋白-DNA 复合体，分离纯化其中的DNA；

         e) 文库构建和测序：利用分离纯化在DNA 制备高通量测序文库，上机测序，获得文库原始测序数据。

技术应用

1. 鉴定不同修饰类型的组蛋白在全基因组上的分布情况，例如H3K4me3，H3K4me1，H3K9ac，H3K27ac，H3K27me3，H3K9me2，H3K9me3等组蛋白翻译后修饰，通过数据整合分析绘制染色质状态，进而揭示它们与基因转录调控的关系^[1]；

2. 鉴定那些直接或者间接与DNA互作的转录因子或者转录调控蛋白在全基因组上的结合位点，例如RNA polymerase II , CTCF等，寻找目的蛋白的靶基因^[2-3]。

技术优势

1. 技术稳定性强：在多种动植物中产生了高质量多种抗体的ChIP-seq数据，作为高水平论文的主要内容。

2. 时效快：我们拥有众多经验丰富的技术人员，可以在25 个工作日内完成数据交付；通过精细的项目管理和实时的进度更新，我们确保您的项目按时完成，同时不牺牲数据质量。

3. 透明合理的定价：我们的定价体系既透明又具有竞争力。在项目启动前，所有的费用都将清晰列示，无任何隐藏成本。

4. 个性化服务：我们提供个性化的定制服务，可以交付DNA 文库、原始测序数据和标准分析报告等不同项目阶段的成果。

参考文献：

[1]Barski A, Cuddapah S, Cui K, Roh TY, Schones DE, Wang Z, Wei G C, hepelev I, Zhao K. High-resolution profiling of histone methylations in the human genome.

Cell.2007 May 18;129(4):823-37. doi: 10.1016/j.cell.2007.05.009. PMID: 17512414.

[2]Johnson DS, Mortazavi A, Myers RM, Wold B. Genome-wide mappingo f in vivo protein-DNA interactions. Science. 2007 Jun 8;316(5830):1497-502. doi: 10.1126/science.1141319. Epub 2007 May 31. PMID: 17540862. Kaufmann K,

[3]Wellmer F, Muiño JM, Ferrier T, Wuest SE, Kumar V, Serrano-Mislata A, Madueño F, Krajewski P, Meyerowitz EM, Angenent GC, Riechmann JL. Orchestration of floral initiation by APETALA1. Science. 2010 Apr 2;328(5974):85-9. doi: 10.1126/science.1185244. PMID: 20360106.

技术服务

睿锶生物具有多年的ChIP-seq 实验和数据分析经验，产生了多种动植物的高质量的ChIP-seq 实验数据。