技术简介

      RNA-seq 是利用高通量测序（NGS）技术检测动植物组织细胞内所有转录本的技术，RNA-seq 数据提供了在特定组织器官或生理条件下的转录组信息。对于基因组的功能注释、研究生长发育和疾病至关重要。

       RNA-seq 数据能鉴定到几乎所有种类的转录本；确定基因的转录结构；并且在不同处理条件下量化每个转录本的表达水平。RNA-Seq 能无偏见绘制高分辨率全球转录组图谱，它允许以经济且准确的方式进行基因表达量化和多组样本间的差异基因表达分析。RNA-Seq 能无需参考基因组即可发现新的转录本，能对以前未研究过的物种转录组进行de novo 组装。

技术流程

分析流程

技术应用

1. 检测新的转录本，包括未知转录本和稀有转录本；

2. 基因转录水平研究，如基因表达量、不同样本间差异表达^[1]；

3. 非编码区域功能研究，如microRNA、非编码长RNA (IncRNA)、RNA 编辑；转录本结构变异研究，如可变剪接、基因融合^[2]；

4. 开发SNPs，用于关联分析等^[3]。

技术优势

1. 通量高：运用高通量测序平台可得到几个到几百亿个碱基序列，可以覆盖整个基因组或转录组。

2. 分辨率高：RNA-Seq 的分辨率能达到单个碱基，准确度好。

3. 成本低：可以对任意物种进行全转录组分析，能够直接对任何物种进行转录组分析。同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并准确地识别可变剪切位点及SNP、UTR 区域。

参考文献：

[1]Gill N, Dhillon B. RNA-seq Data Analysis for Differential Expression. Methods Mol Biol. 2022;2391:45-54. doi: 10.1007/978-1-0716-1795-3_4. PMID: 34686975.

[2]Nicot C. RNA-seq reveals novel CircRNAs involved in breast cancer progression and patient therapy response. Mol Cancer. 2020 Apr 15;19(1):76. doi: 10.1186/ s12943-020-01198-2. PMID: 32293455; PMCID: PMC7157975.

[3]Li Q, Su X, Ma H, Du K, Yang M, Chen B, Fu S, Fu T, Xiang C, Zaho Q, Xu L. Development of genic SSR marker resources from RNAs-eq data in Camellia japonica and their application in the genus Camellia. Sci Rep. 2021 May 10;11(1):9919. doi: 10.1038/s41598-021-89350-w. PMID: 33972624; PMCID: PMC8110538.

技术服务

睿锶生物具有丰富的RNA-seq 实验和数据分析经验，产生了多种动植物的高质量的RNA-seq 实验数据。