技术简述

 许多技术可用于在染色质上定位某个RNA，比如ChIRP、CHART和RAP-DNA，它们利用互补序列捕获特定的RNA，然后进行高通量测序，找出染色质靶点，但是这些方法每次只能研究一个已知的RNA，不能研究全基因组范围上全部的RNA-染色质相互作用。

RNA在调节基因表达时还有协调功能DNA元件的作用。我们可以通过Hi-C分析染色质结构，检测所有可能的DNA-DNA相互作用；通过ChIA-PET分析特定因子介导的染色质相互作用，但是这些技术检测的主要都是非细胞类型依赖的拓扑相关结构域 (TAD) 内的，而染色质上的RNA还可能帮助我们找到转录活性相关的相互作用，帮助我们区分超级增强子和普通增强子。

为了解决上述问题，来自加州大学的付向东研究团队，研发了一种无偏差地检测全部染色质-RNA相互作用的技术——GRID-seq。

技术流程

1. 预先设计特殊的linker，一端是单链RNA，另一端是双链DNA；

2. 用DSG和甲醛固定RNA-DNA相互作用，提取细胞核；

3. 用AluI 进行酶切；

4. 加入linker，linker的RNA与要捕获的RNA连接；

5. 反转录，扩增连接的RNA；

6. 去除游离的linker；

7. linker的DNA与要捕获的DNA连接；

8. 用整合素磁珠捕获DNA；

9. 从磁珠释放ssDNA，合成dsDNA，使用MmeI，将linker上设计好的酶切位点切开；

10. 跑胶，得到两个DNA片段，85bp的是连接了RNA和DNA的linker，65bp的是只连接了RNA或者DNA的linker。

技术应用

• 细胞类型特异的相互作用；

• 鉴定染色质富集的RNA；

• 用于预测与RNA生成有关的基因组相互作用；

• 染色体间的特异互作。

技术优势

1. 具有高特异性，高敏感性；

2. GRID-seq技术的建立和发展，有助于科学研究者发现更多RNA介导的调控活动。

应用案例