技术介绍

      RNA-seq（RNA sequencing）即转录组测序技术，就是用高通量测序技术进行测序分析，反映出mRNA, smallRNA, noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。在过去的十年中，RNA-Seq技术迅速发展，并成为了在转录组水平上分析差异基因表达/mRNA可变剪切的不可缺少的工具。随着下一代测序技术的发展，RNA-Seq技术应用范围变得更加广泛：一是在RNA生物学领域，RNA-Seq可以应用于单细胞基因表达/蛋白质表达/RNA结构的分析；二是空间转录组的概念也逐渐兴起。长读长/直接RNA-Seq技术以及更好的数据分析计算工具有助于生物学家们利用RNA-seq加深对RNA生物学的理解——例如转录何时何地开始；体内折叠和分子间作用如何影响RNA功能等问题。

RNA-seq原理

实验流程

技术优势

1. 通量高，运用第二代测序平台可得到几个到几百亿个碱基序列，可以达到覆盖整个基因组或转录组的要求；
2. 灵敏度高，可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本；
3. 分辨率高，RNA-Seq的分辨率能达到单个碱基，准确度好，同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题；
4. 不受限制性，可以对任意物种进行全转录组分析，无需预先设计特异性探针，能够直接对任何物种进行转录组分析。同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并准确地识别可变剪切位点及SNP、UTR区域。

技术应用

• 检测新的转录本，包括未知转录本和稀有转录本；
• 基因转录水平研究，如基因表达量、不同样本间差异表达；
• 非编码区域功能研究，如microRNA、非编码长RNA (IncRNA)、RNA编辑；转录本结构变异研究，如可变剪接、基因融合；
• 开发SNPs和SSR等。

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